通过设计严格的筛选策略，并结合TCGA-KIRC生存数据，研究人员识别了4个肿瘤细胞特异富集且显著和病人更差预后生存相关的转录因子（HOXC5,VENTX,ISL1和OTP）。基于scATAC-seq捕获到的染色质开放信息，研究人员进一步识别出了这些转录因子的下游靶基因并构建了其表观调控网络。分析发现，这些转录因子的靶基因显著富集于低氧和细胞增殖信号通路，且包含多个在肿瘤细胞群体中显著高表达的基因（FXYD2和CRYAB）。此外，结合先前的scRNA-seq数据，研究人员发现这些靶基因特异性地富集于肿瘤细胞群体。

图2：4个肿瘤细胞特异富集的转录因子

为了进一步调查这些调控因子对肿瘤细胞的影响，研究人员分别在肾细胞癌细胞系和异种移植小鼠肿瘤模型中分别敲低这几个转录因子，发现能够显著降低肿瘤细胞的生长。同时结合小分子化合物扰动数据库-LINCS10，研究人员筛选出了2个已被美国食品药品监督管理局（FDA）批准用于疾病治疗的药物（homoharringtonine和mitotane）能够明显降低HOXC5,ISL1和VENTX的表达，并在两个肾细胞癌细胞系进行了进一步的验证。

图3：靶向4个转录因子抑制肿瘤生长

此外，研究人员也刻画了对各个免疫细胞亚群的转录程序和表观特征，并在肿瘤细胞和免疫细胞亚群间识别出了多对具有潜在临床意义的配体-受体互作对。 综上所述，该研究描绘了ccRCC的单细胞转录组和表观基因组图谱，识别了肿瘤细胞特异的基因转录和表观调控程序，为设计更有效的治疗策略提供了新的线索。