利用软电离技术（如电喷雾和快原子轰击）作为离子源时，所得到的质谱主要是准分子离子峰，碎片离子很少，因而也就没有结构信息。为了得到更多的信息，最好的办法是把准分子离子“打碎”之后测定其碎片离子。在串联质谱中采用(Collision activated dissociation， CAD)技术把离子“打碎”。
也称为碰撞诱导分解(Collision Induced dissociation， CID)，在碰撞室内进行，带有一定能量的离子进入碰撞室后，与室内情性气体的分子或原子发生碰撞，离子发生碎裂。为了使离子碰撞碎裂，必须使离子具有一定动能，对于磁式质谱仪，离子加速电压可以超过1000V，而对于四极杆，离子阱等，加速电压不超过100V，前者称为高能CAD，后者称为低能CID。二者得到的子离子谱是有差别的。
MS-MS工作方式和主要信息
的MS-MS属于时间串联型，它的操作方式见上图，在A阶段，打开电子门此时基础电压置于低质量的截止值，使所有的离子被阱集，然后利用辅助射频电压抛射掉所有高于被分析母离子的离子。进入B阶段，增加基频电压，抛射掉所有低于被分析母离子的离子。以阱集即将碰撞活化的离子。在C阶段，利用加在端电极上的辅助射频电压激发母离子，使其与阱内本底气体碰撞，在D阶段，扫描基频电压，抛射并接收所有CID过程形成的子离子，获得子离子谱。以此类推，可以进行多级MS分析。由离子阱的工作原理可以知道，它的MS-MS功能主要是多级子离子谱，利用计算机处理软件，还可以提供母离子谱，中性丢失谱和多反应监测（MRM）。
