在介绍交联质谱前，董梦秋为我们普及了用。在当今的结构生物学研究中，冷冻电镜是主力。从单颗粒冷冻电镜图像中把形态相近的颗粒挑出来进行对齐、平均、三维重构，可以得到高分辨度的电子密度图，然后搭建蛋白质复合体的结构模型。可是，蛋白质柔性区域的结构无论用电镜还是晶体学技术都很难看清楚，甚至完全不可见，这样建模的时候会遇到断头路，往下接到哪儿是个问题。交联质谱数据告诉我们，两个被交联的氨基酸残基空间距离不会超过某个上限。有了足够多的交联距离约束信息后，我们就可以把断头路接起来，并推断出柔性区的位置和分布方式。目前很多结构生物学实验室在制备冷冻电镜样品时会分出一部分做交联质谱，后期匹配两种数据以获得更完整的结构。而Native MS（非变性质谱）可以提供蛋白质复合体组成亚基的化学计量比，帮助搭建合理的结构模型。Foot Printing（足迹法）用化学试剂标记暴露在环境中的氨基酸残基，酶解后可用质谱检测被修饰的肽段，从而了解哪些氨基酸分布在蛋白质的外表面以及蛋白质形成复合体后被包埋的区域。交联质谱数据中的mono-link肽段（交联剂一端与肽段共价连接，另一端水解而形成的修饰单肽）也可以提供同类信息。氢氘交换不受化学修饰试剂的选择性限制，可以做得更精细。